Het waddengebied omvat de Waddenzee en de waddeneilanden. Deze samenvoeging is logisch, want zonder eilanden zou er geen Waddenzee kunnen bestaan. De waddeneilanden remmen de golven uit de Noordzee zo sterk dat ze alleen bij vloed het gehele achterliggende gebied overstromen en bij laagwater een landschap achterlaten vol geulen en platen.
Het getijde
Het getijde is het kenmerkende proces in het waddengebied. Twee keer per dag, als de vloed op komt zetten, krijgt het gebied haar voorraad voedingsstoffen. Deze voedingsstoffen vormen de basis van een ingewikkeld voedselweb.

Verschillende soorten algen, wieren, planten, wormen (zagers en wadpieren), weekdieren (onder andere mossels, kokkels en nonnetjes) en kreeftachtigen (garnalen, heremietkreeften en zeepokken) nemen de voedingsstoffen op. Deze planten en dieren worden gegeten door andere dieren. Onder andere krabben, zeesterren, vissen en vogels leven goed van deze soorten. De zeehonden op hun beurt leven weer van de vissen, in de Waddenzee wordt vooral platvis gevangen. Jonge zeehonden vangen ook wel garnalen.
Door de toename van voedingsstoffen (vermesting of eutrofiƫring) in de Waddenzee als gevolg van menselijk handelen is het wankele evenwicht in het voedselweb verstoord. De algensamenstelling verandert waardoor het gehele web verstoord raakt.
Verontreinigingen
Behalve voedingsstoffen neemt de vloedgolf ook verontreiningen mee het gebied in. Zware metalen, PAK's, PCB's, en organische chloorverbindingen zijn wel de belangrijkste verontreinigende stoffen. Maar ook olie en zwerfvuil kunnen grote effecten hebben op het ecosysteem. Zo nu en dan komt er een andere stof opeens in relatief grote hoeveelheden het gebied in. Meestal duidt dit op een ongeluk op een schip. Enkele containers slaan overboord en bevatten giftige stoffen. Een sprekend voorbeeld hiervan zijn de landbouwgifzakjes die van een schip geslagen waren. Gelukkig hebben slechts enkele van deze zakjes de Waddenzee bereikt.
Soortenrijkdom
Een voedselrijk gebied is meestal ook rijk aan soorten. Het waddengebied is zeer voedselrijk, maar het aantal soorten wat er voorkomt is naar verhouding laag. Dit heeft te maken met het feit dat het waddengebied een zeer dynamisch ecosysteem is. Het droogvallen van de platen heeft vele veranderingen tot gevolg. De temperatuur verandert, het zuurstofgehalte verandert voortdurend. Ook het zoutgehalte van het water verandert door de fluctuerende waterstand. De bodem van het waddengebied is ook dynamisch. Voortdurend vinden erosie en sedimentatie plaats.
Landschapstypen
Hoewel men vaak spreekt van 'het waddengebied' kunnen toch meerdere landschapstypen onderscheiden worden. Binnen het gebied kunnen brakwatergebieden en kustgebieden met wadden, kwelders, stranden, duingebieden en cultuurland onderscheiden worden. Elk gebied kenmerkt zich door een andere flora en fauna.